Universitas Muhammadiyah Palopo adalah ikhtiar panjang yang sudah dicitakan dan digagas sejak tahun 2.000-an. Tahun 2018 Kementerian Riset Teknologi, dan Pendidikan Tinggi gencar menawarkan fasilitas dan kompensasi terhadap perguruan tinggi yang mau melakukan penggabungan atau penyatuan PTS. Hal ini dimaksudkan untuk melakukan efisiensi kelembagaan perguruan tinggi yang jumlahnya lebih dari 4.000-an.
Pada awalnya, pada tahun 2017 direncanakan melakukan Perubahan Bentuk STIE Muhammadiyah Palopo menjadi Universitas Muhammadiyah Palopo. Badan Pembina Harian dan Tim melakukan presentasi dan mendapat Rekomendasi dari Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta (Kopertis) Wilayah IX Sulawesi Nomor 3833/K9/KK. 02/2017 tertanggal 22 Agustus 2017 dan Prodi yang mendapat rekomendasi adalah: S1 Farmasi, S1 Gizi, S1 Arsitek, S1 Penyuluhan Pertanian, S1 Peternakan, dan S1 Ilmu Kelautan.
Akan tetapi, tahun 2018 Badan Pembina Harian dan Tim Pendiri Universitas Muhammadiyah Palopo kembali bermohon kepada Kopertis Wilayah IX untuk melakukan Penggabungan STIE-STKIP-AKBID Muhammadiyah Palopo, karena dengan penggabungan Kemristekdikti memberikan fasilitas untuk mengusulkan S2 Manajemen. Maka terbitlah Rekomendasi Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta (Kopertis) Wilayah IX Sulawesi Nomor 2659/K9/KK.02/2018 tertanggal 26 April 2018. Prodi yang direkomendasi adalah S1 Farmasi, S1 Gizi, S1 Arsitek, S1 Penyuluhan Pertanian, S1 Peternakan, dan S1 Ilmu Kelautan, dan S2 Manajemen.
Panitia Pendiri selanjutnya melakukan kerja teknis dan mengirimkan surat secara daring nomor: 203/BPH-PTM/I/2018 tertanggal 7 Januari 2018 tentang Permohonan Penyatuan STIE-STKIP-AKBID Muhammadiyah Palopo, maka terbitlah persetujuan dari Dirjen Kelembagaan Iptek Dikti Nomor 1004/C.C4/KL/2018 tentang persetujuan Penyatuan PTS. Tim Pendiri kerja keras untuk menyelesaikan seluruh dokumen yang dibutuhkan, mulai dari borang prodi, borang institusi, keuangan, dan berkas lainnya.
Pada tanggal 24-25 Januari 2018 Tim Visitasi dari Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi melakukan evaluasi lapangan dengan surat tugas nomor: 84/C4.3.1/K8.03.02/2019. Dengan proses yang berjenjang, akhirnya terbitlah Surat Keputusan Menteri Riset, teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor: 112/KPT/I/2019 tentang Izin Penggabungan STIE Muhammadiyah Palopo, STKIP Muhammadiyah Palopo, dan AKBID Muhammadiyah Palopo yang diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah, dengan 12 (dua belas Prodi) yakni: S1 Ekonomi Pembangunan, S1 Akuntansi, S1 Manajemen, S1 Bimbingan Konseling, S1 Penjaskesrek, S1 Pendidikan Bahasa Inggris, S1 Pendidikan Guru Paud, S1 Farmasi, S1 Penyuluhan Pertanian, S1 Ilmu Kelautan, S2 Manajemen, dan Diploma III Kebidanan.
Pada tanggal 09 Juli 2024 memperoleh Akreditasi Institusi Baik Sekali dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi dengan peringkat Baik Sekali.